Os inibidores químicos da Pcdhb17 podem afetar a sua função através de vários mecanismos que envolvem a perturbação de estruturas e processos celulares críticos para a sua atividade. A tetrodotoxina, através da sua inibição dos canais de sódio dependentes da voltagem, pode impedir a geração e a propagação de potenciais de ação nos neurónios, onde a Pcdhb17 é expressa. Esta cessação da atividade neuronal pode levar a uma diminuição da sinalização neuronal que depende da Pcdhb17. A brefeldina A perturba o transporte de proteínas através da inibição do fator de ribosilação ADP, conduzindo a uma potencial má localização e subsequente disfunção da Pcdhb17, que depende de uma localização precisa para o seu papel na sinapse. A latrunculina A e a citocalasina D têm como alvo o citoesqueleto de actina, sendo que a primeira se liga aos monómeros de actina e a segunda inibe a sua polimerização, resultando na perturbação da dinâmica do citoesqueleto. Uma vez que o citoesqueleto de actina é essencial para os processos celulares regulados por Pcdhb17, estas perturbações podem prejudicar a sua função na adesão e sinalização célula-célula.
A colchicina e o nocodazol perturbam a dinâmica dos microtúbulos, o primeiro inibindo a polimerização da tubulina e o segundo ligando-se à β-tubulina. Ambos conduzem a uma rutura dos sistemas de transporte intracelular, que são cruciais para a função de Pcdhb17. Por outro lado, o paclitaxel estabiliza os microtúbulos mas, ao fazê-lo, afecta o transporte de vesículas e a motilidade celular, o que pode inibir indiretamente a função da Pcdhb17. A wiskostatina e o Y-27632 inibem os reguladores da polimerização da actina, N-WASP e ROCK, respetivamente. Ao perturbar a polimerização da actina, estes inibidores podem afetar a localização sináptica e a função da Pcdhb17. O ML-7 e a blebistatina visam processos relacionados com a miosina; o ML-7 inibe a cinase da cadeia leve da miosina, enquanto a blebistatina inibe a atividade da ATPase da miosina II. Estas perturbações podem levar a uma diminuição dos movimentos celulares e dos processos de adesão essenciais para a função do Pcdhb17. Por último, o Endothall, como inibidor da ATPase, perturba a homeostase energética celular, que é fundamental para os processos dependentes de ATP que a Pcdhb17 requer para o seu papel na adesão e sinalização celular.
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