NEIの化学的阻害剤は、細胞内経路におけるその活性を妨げるために、様々なメカニズムを用いることができる。フロレチンは、NEIの適切なフォールディングと機能性に不可欠なグリコシル化プロセスを阻害することによって阻害作用を示す。正しいフォールディングが行われないと、NEIはその構造的完全性を維持することができず、DNA修復における役割にとって極めて重要である。同様に、エピガロカテキンガレートは、酵素がDNA基質と相互作用するのに不可欠な活性部位を占有することによって、NEIを直接標的とする。この部位をブロックすることで、NEIはDNA病変を認識し修復するという機能を果たせなくなる。カフェインは、細胞内の酸化還元バランスを調整し、酸化還元に敏感なNEIにとって好ましくない環境を作り出し、その機能を阻害することによって作用する。クルクミンは、これに関連して、NEIがDNA損傷を認識して修復を開始する際に依存する細胞内の酸化的環境を調整し、その活性を阻害する。
レスベラトロールとエラグ酸は、代謝調節を通じてNEIの活性に影響を与える。レスベラトロールは、DNA修復機構に関与するNEIのような酵素にとって重要な因子であるNAD+/NADH比に影響を与える。この比率を変化させると、NEIがその機能を効果的に遂行する能力を抑制する可能性がある。一方、エラグ酸は金属イオンをキレートし、修復過程における触媒活性に必要な補酵素をNEIから奪う。ノルジヒドログアイアレチン酸は、NEIが通常認識するDNA損傷の構造成分を模倣することによって阻害効果を示し、それによって基質結合を競合的に阻害する。ゲニステインは、NEIの活性化とその後のDNA修復作用に必要と思われるリン酸化事象を担うキナーゼ活性を阻害することにより、NEIを抑制する。ケルセチン、ルテオリン、アピゲニン、バイカレインはすべて、異なる細胞内シグナル伝達経路または酵素への直接結合を介してNEIと相互作用する。ケルセチンは、NEIの活性に不可欠な補酵素の酸化型を安定化させ、ルテオリンとアピゲニンは、NEIの活性化と機能を制御するプロテインキナーゼ経路を調節する。バイカレインはNEIの活性部位に結合し、その構造を変化させ、DNA結合と修復効率を低下させる可能性がある。このような様々な生化学的相互作用を通じて、これらの化学物質は総体的にNEIのDNA修復酵素の阻害に寄与している。
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