NDST4の化学的阻害剤は様々なメカニズムで機能し、その硫酸転移酵素活性を阻害する。スラミンは、NDST4が触媒する硫酸化プロセスにとって重要な成長因子受容体と酵素活性を阻害することによって作用する。成長因子受容体が阻害されると、NDST4の硫酸転移酵素活性が損なわれ、その機能的出力が低下する。塩素酸塩は硫酸塩取り込みの競合物質として働き、NDST4活性に不可欠な硫酸供与体PAPSの利用を制限する。メチルチオウラシルは、甲状腺ホルモン合成に作用することにより、全身の硫酸化能を低下させ、NDST4活性に必要な硫酸プールの利用を制限する可能性がある。ビスフェノールAは、硫酸転移酵素の活性部位に直接結合することによって硫酸転移酵素活性を阻害し、NDST4の触媒過程を直接阻害する可能性がある。
これらの阻害剤に加えて、ケルセチンやトリクロサンのような化合物は、それぞれPAPSと競合することによって、あるいは酵素の構造を変化させることによって阻害効果を示し、NDST4の酵素機能を阻害する。エラグ酸とペンタクロロフェノールもまた、酵素の活性部位や重要な領域に結合し、NDST4の硫酸転移酵素活性を低下させることが知られている。同様に、クロルプロマジンやデシプラミンも、酵素の立体構造を変化させたり、活性部位と相互作用することによってNDST4を阻害する可能性がある。ミコナゾールは、主にチトクロームP450酵素の阻害剤として知られているが、酵素の活性部位と相互作用することにより、NDST4を含む硫酸転移酵素を阻害することが示されている。最後に、ケトコナゾールはチトクロームP450酵素を阻害することにより、間接的に硫酸化過程に影響を及ぼし、NDST4の活性に影響を及ぼす可能性がある。これらの阻害剤の総合的な作用により、NDST4が基質に硫酸基を転移する能力は大幅に低下する。