Os inibidores químicos da N-desacetilase/N-sulfotransferase (NDST3) interrompem o papel da proteína na modulação das cadeias de heparan sulfato através de vários mecanismos bioquímicos. A suramina, por exemplo, bloqueia a ação da heparanase, que normalmente cliva o heparan sulfato. A inibição da heparanase pode levar a uma acumulação de cadeias de sulfato de heparano, impedindo assim a capacidade da NDST3 de continuar a processar estas moléculas. O metiltiouracil interfere com a síntese das hormonas da tiroide, o que pode influenciar indiretamente as actividades das sulfotransferases, incluindo as realizadas pela NDST3. De forma semelhante, o clorato de sódio actua como um inibidor da ATP sulfurilase, reduzindo assim a disponibilidade do dador essencial de sulfato PAPS, que é fundamental para a atividade de sulfatação da NDST3.
A brefeldina A e a tunicamicina perturbam a NDST3 através de mecanismos que afectam a sua localização e modificação pós-traducional. A brefeldina A perturba o aparelho de Golgi, onde a NDST3 está localizada e actua, impedindo a sulfatação do sulfato de heparano. A tunicamicina dificulta a glicosilação ligada a N, um processo necessário para o funcionamento correto da NDST3. A quercetina inibe diretamente a função sulfotransferase da NDST3, reduzindo assim a sulfatação do sulfato de heparano. O arseniato de sódio compromete o metabolismo energético, que é essencial para as reacções de sulfatação dependentes da energia que a NDST3 catalisa. O cloreto de lítio tem como alvo a glicogénio sintase quinase 3 (GSK3), uma quinase que pode afetar a função da NDST3. Os inibidores Fumonisina B1 e Clioquinol afectam a NDST3 perturbando a integridade da membrana celular e quelando iões metálicos, respetivamente. A fumonisina B1 impede a síntese de esfingolípidos, componentes da membrana celular que são cruciais para a sinalização celular e para as funções associadas à membrana de proteínas como a NDST3. O clioquinol quelata o zinco, um cofator que mantém a integridade estrutural de muitas enzimas, incluindo a NDST3. Por último, a Trientina sequestra o cobre, que é vital para várias enzimas, e a sua ação quelante pode alterar a eficácia da NDST3 na modificação do sulfato de heparano.