MRP-L16阻害剤には、様々なミトコンドリアプロセスを標的とすることにより、ミトコンドリアのリボソームタンパク質L16(MRP-L16)の機能活性に間接的に影響を与える様々な化合物が含まれる。例えば、シクロスポリンAは、カルシニューリンの阻害によってミトコンドリアのタンパク質輸入を阻害し、間接的にMRP-L16のミトコンドリア・リボソームへの取り込みを阻害する。同様に、ベネトクラックスは、ミトコンドリア外膜の透過とそれに続くシトクロムcの放出を誘導することによって、MRP-L16の安定した統合に不可欠なミトコンドリアの完全性を損なう。アンチマイシンAとロテノンは、いずれもミトコンドリアの電子伝達鎖内の異なる複合体を阻害するもので、ATP産生の減少をもたらし、これはエネルギー依存的なMRP-L16のミトコンドリア・リボソームへの集合に不可欠である。
さらに、オリゴマイシンやFCCPのような化合物は、それぞれミトコンドリアのATP合成酵素とプロトン勾配を特異的に標的とするため、MRP-L16のアセンブリーを含むミトコンドリアのタンパク質合成に必要なエネルギー産生が損なわれる。抗生物質であるテトラサイクリンとドキシサイクリンは、30Sと50Sのリボソームサブユニットに結合し、ミトコンドリアのリボソームアセンブリを阻害し、MRP-L16の機能に影響を与える。もう一つの抗生物質であるクロラムフェニコールもまた、ミトコンドリアのタンパク質合成を阻害し、MRP-L16の取り込みに影響を与える可能性がある。ペプチドデホルミラーゼ阻害剤のアクチノニンは、MRP-L16をミトコンドリアのリボソームに組み込むタンパク質を含む、新生タンパク質のプロセッシングを阻害する可能性がある。 α-アマニチンは、主に核のmRNA合成に影響を与えるRNAポリメラーゼIIの阻害で知られているが、間接的にミトコンドリアにコードされたタンパク質の翻訳、ひいてはMRP-L16の活性に影響を与える可能性がある。最後に、アトラジンは除草剤ではあるが、複合体IIIを阻害することによってミトコンドリア機能を破壊する可能性があり、ミトコンドリア機能とエネルギー産生が低下することによって、ミトコンドリアのリボソームにおけるMRP-L16の役割に影響を与える可能性が考えられる。
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