Os inibidores químicos da Mpa2l visam várias vias de sinalização para modular a atividade desta proteína. A esturosporina, um inibidor da proteína quinase de largo espetro, pode interromper o processo de fosforilação essencial para a função da Mpa2l, prejudicando assim a sua atividade. O LY294002 e a Wortmannin, ambos inibidores da PI3K, podem impedir a ativação da via da Akt, conduzindo a uma redução da atividade da Mpa2l através do bloqueio da sinalização necessária a jusante. Do mesmo modo, o PD98059 e o U0126, que inibem a MEK1/2 na via MAPK/ERK, podem diminuir a atividade da Mpa2l, obstruindo as vias de sinalização críticas para a sua função. O SP600125 e o SB203580 visam especificamente a JNK e a p38 MAP quinase na via da MAPK, respetivamente, e podem inibir a Mpa2l impedindo a propagação dos sinais necessários para a sua atividade.
Além disso, a rapamicina, um inibidor da mTOR, pode inibir a Mpa2l interrompendo as vias de sinalização da mTOR em que se baseia. O Y-27632, que inibe a quinase ROCK, pode interromper os processos de sinalização da via Rho/ROCK que regulam a atividade da Mpa2l. O PP2, como inibidor das tirosina-quinases da família Src, pode impedir a atividade da quinase necessária para a função da Mpa2l. O ZM-447439, um inibidor da quinase Aurora, pode inibir a Mpa2l ao interromper as vias dependentes da quinase Aurora, cruciais para a sua função. Por último, o bortezomib, através da sua ação como inibidor do proteassoma, pode bloquear os sinais de degradação dependentes do sistema ubiquitina-proteassoma de que a Mpa2l depende para a sua regulação, inibindo assim a sua atividade funcional.
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