Os inibidores químicos do MIER1 funcionam perturbando as interacções da proteína com as histonas desacetilases (HDACs), que são essenciais para o seu papel na remodelação da cromatina e na regulação da expressão genética. A tricostatina A, o ácido hidroxâmico de suberoilanilida (SAHA) e o MS-275 têm como alvo a atividade de desacetilase da HDAC1, uma conhecida associada do MIER1. Ao impedir o processo de desacetilação, estes inibidores mantêm um estado hiperacetilado nas histonas, que está associado a uma conformação de cromatina aberta e conduz frequentemente a um aumento da transcrição. Uma vez que as acções reguladoras do MIER1 dependem das capacidades de remodelação proporcionadas pela HDAC1, a sua capacidade funcional é prejudicada quando a HDAC1 é inibida. Do mesmo modo, o Mocetinostat, com a sua especificidade em relação à HDAC1 e 3, e a Romidepsina, um potente inibidor da HDAC1, perturbam a interação normal entre o MIER1 e estas desacetilases, inibindo eficazmente a influência reguladora do MIER1 na expressão genética.
Ainda nesta linha, o panobinostato, como inibidor de HDAC de largo espetro, e a chidamida, com propriedades de inibição selectiva, impediriam o MIER1 de recrutar HDAC1 para a cromatina, inibindo assim as funções de modificação da cromatina do MIER1. O belinostato e o ácido valpróico também inibem a atividade da HDAC, o que, por sua vez, impediria o MIER1 de exercer os seus efeitos na arquitetura da cromatina e na expressão genética. O LMK-235, embora seja principalmente um inibidor da HDAC4 e HDAC5, poderia inibir indiretamente o MIER1, alterando a paisagem global da cromatina e os padrões de expressão genética. A Tacedinalina e o Scriptaid, ambos inibidores da HDAC, interfeririam com a capacidade do MIER1 para regular a expressão genética, mantendo um estado de acetilação das histonas que não é propício à função do MIER1 de compactação da cromatina e repressão dos genes, impedindo assim o papel do MIER1 na regulação dos genes.
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