Med29の化学的阻害剤は、この転写コアクチベーターの機能阻害を達成するために、様々な生化学的経路を通して作用する。トリプトライドはMed29が共活性化することが知られているNF-κB経路を標的とする。NF-κBの転写活性を阻害することにより、トリプトライドはMed29が共活性化する遺伝子の発現を減少させる。同様に、IκBα阻害剤は、通常NF-κBを核から隔離するIκBαの分解を阻止し、それによってMed29が関与する転写活性も低下させる。MG132 やボルテゾミブのようなプロテアソーム阻害剤は、細胞内に転写抑制因子やその他の調節タンパク質を蓄積させる可能性があり、Med29 がその一部である転写装置の適切な組み立てや作用を妨げることによって、Med29 の機能を間接的に阻害する可能性がある。
シクロヘキシミドはタンパク質合成を阻害することによって間接的にMed29を阻害するので、Med29が通常共活性化する転写因子のレベルを低下させる。このため、Med29が転写プロセスを支援するために必要とする機能的な転写因子複合体が不足する。レプトマイシンBはmRNAの輸送を阻害することにより、間接的にMed29が関与する転写過程に影響を与え、遺伝子発現の減少をもたらす。トリコスタチンAはヒストン脱アセチル化酵素を阻害することでクロマチン構造を変化させ、Med29が標的とするDNA領域へのアクセス性を低下させる可能性がある。5-アザシチジンの作用はDNAの低メチル化をもたらし、Med29が効果的に転写を促進する能力を阻害する構造変化をもたらす可能性がある。アクチノマイシンDとα-アマニチンは、それぞれDNAに結合し、RNAポリメラーゼIIを阻害することによって転写過程を直接阻害し、それによってMed29が共活性化の役割を果たしている遺伝子の転写を妨げる。最後に、PI-103 とラパマイシンは PI3K/Akt/mTOR シグナル伝達経路を阻害し、Med29 と相互作用するタンパク質とコアクチベーターの翻訳後修飾に間接的に影響を与え、コアクチベーター機能のダウンレギュレーションにつながる。
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