Compostos como a Estaurosporina e a Queleritrina exercem os seus efeitos através da ativação de proteínas cinases, que são fundamentais na regulação da fosforilação e, consequentemente, dos estados de atividade de numerosas proteínas. Ao inibir essas cinases, o estado de ativação de proteínas como LOC729562 pode ser alterado, levando a mudanças na sua função. A PI3K e a mTOR, reguladores críticos do crescimento e da sobrevivência das células, são especificamente visadas pelo LY294002 e pela rapamicina, respetivamente. A inibição destas vias pode levar a alterações no estado fisiológico da célula, o que pode suprimir a atividade de proteínas associadas, incluindo LOC729562. O U0126 e o PD98059 visam de forma semelhante a cascata de sinalização MAPK/ERK, uma via central no controlo da divisão celular, que pode afetar indiretamente a função de uma multiplicidade de proteínas.
Compostos como a cicloheximida e a brefeldina A perturbam processos celulares fundamentais, como a síntese e o transporte de proteínas, levando potencialmente a níveis reduzidos ou à localização incorrecta de várias proteínas. A influência da wiskostatina na via de polimerização da actina e a modulação das vias da proteína quinase activada pelo stress pelo SP600125 podem ter repercussões significativas na arquitetura celular e nas respostas ao stress, influenciando a atividade de um amplo espetro de proteínas.
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