L'epigallocatechina gallato può interfacciarsi con numerose vie di segnalazione, influenzando potenzialmente la trascrizione di una vasta gamma di geni. La forskolina è nota per elevare i livelli di cAMP all'interno delle cellule, che a sua volta attiva la protein chinasi A (PKA) e catalizza effetti a valle sull'espressione genica, influenzando potenzialmente l'espressione di proteine come la LOC146429. Gli inibitori della DNA metiltransferasi, come la 5-azacitidina, determinano cambiamenti nello stato epigenetico della cellula, che possono portare ad alterazioni nei modelli di espressione genica. In modo simile, gli inibitori dell'istone deacetilasi, come la tricostatina A e il butirrato di sodio, influenzano la struttura della cromatina e la trascrizione genica, fornendo un'altra via attraverso la quale l'espressione proteica potrebbe essere modulata. Il forbolo 12-miristato 13-acetato agisce sulla protein chinasi C (PKC), implicata in una moltitudine di processi cellulari, tra cui la regolazione dell'espressione genica.
L'acido retinoico agisce attraverso i recettori nucleari, influenzando la trascrizione genica, ed è un altro esempio di composto che può influenzare l'espressione proteica. Il desametasone, un glucocorticoide sintetico, si lega ai recettori dei glucocorticoidi e modula i modelli di espressione genica in un ampio spettro di geni. Gli inibitori delle chinasi come PD98059, SB203580 e LY294002 hanno come bersaglio componenti critici delle vie di segnalazione, rispettivamente MEK, p38 MAPK e PI3K. Questi composti possono attenuare l'attività di queste chinasi, influenzando così le vie MAPK/ERK e PI3K/AKT e influenzando l'espressione delle proteine regolate da queste vie. La rapamicina è un noto inibitore della via mTOR, un regolatore centrale della crescita cellulare e della sintesi proteica.
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