A forskolina, ao aumentar o AMPc, pode desencadear a proteína quinase A e iniciar um efeito dominó que se processa em cascata através de várias vias de sinalização, influenciando potencialmente a expressão e a função de um vasto espetro de proteínas. Do mesmo modo, o 12-miristato 13-acetato de forbol actua sobre a proteína quinase C, um interveniente fundamental na sinalização celular que pode alterar o comportamento das proteínas no interior da célula. Os inibidores da histona desacetilase, como o butirato de sódio e a tricostatina A, exercem o seu impacto na paisagem epigenética, reconfigurando a arquitetura da cromatina para facilitar um ambiente transcricional que pode aumentar a expressão de numerosas proteínas. O inibidor da DNA metiltransferase 5-Azacitidina desloca os padrões de metilação no DNA, alterando a atividade transcricional dos genes, o que pode abranger as sequências reguladoras de proteínas como a KIAA0513.
Os polifenóis, como o galato de epigalocatequina e o resveratrol, actuam através da modulação das vias de sinalização e da ativação das sirtuínas, respetivamente, o que tem implicações na expressão genética e na funcionalidade das proteínas. O LY294002 e a rapamicina interagem com as vias PI3K/AKT e mTOR, condutas centrais do crescimento celular e da síntese proteica, enquanto o SP600125, o PD98059 e o SB203580 têm como alvo as vias JNK e MAPK/ERK, que são parte integrante das respostas celulares e da regulação da expressão proteica.
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