Gli inibitori dell'HIF-3α sono costituiti da un'ampia gamma di composti che interferiscono con la via di segnalazione dell'HIF a diversi livelli, tra cui il legame al DNA, la stabilità della proteina e l'attività trascrizionale. Questi inibitori non hanno come bersaglio diretto HIF-3α, ma modulano la via di segnalazione dell'ipossia, con conseguente riduzione dell'attività di HIF-3α. Ad esempio, l'echinomicina agisce bloccando direttamente il sito di legame al DNA di HIF, impedendo così l'attivazione trascrizionale dei geni che rispondono all'ipossia. Analogamente, YC-1 e digossina interrompono la sintesi e la stabilità delle subunità di HIF-α, il che può portare a una diminuzione dei livelli o dell'attività di HIF-3α a causa dell'interruzione dei cicli di feedback omeostatici all'interno della famiglia HIF.
Alcuni inibitori, come il topotecan e il chetomin, colpiscono il macchinario molecolare da cui dipendono gli HIF per la loro attività trascrizionale, mentre altri, come il KC7F2 e il PX-478, modulano l'attività trascrizionale degli HIF. SAHA, celestrolo e berberina svolgono un'azione di inibizione indiretta attraverso la modulazione epigenetica o influenzando le vie di degradazione proteasomica, che hanno un impatto su HIF-3α tra una moltitudine di bersagli cellulari.
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