Les inhibiteurs de HIF-3α consistent en une large gamme de composés qui interfèrent avec la voie de signalisation HIF à différents niveaux, y compris la liaison à l'ADN, la stabilité de la protéine et l'activité transcriptionnelle. Ces inhibiteurs ne ciblent pas directement le HIF-3α mais modulent la voie de signalisation de l'hypoxie, ce qui entraîne une réduction de l'activité du HIF-3α. Par exemple, l'échinomycine agit en bloquant directement le site de liaison à l'ADN de HIF, empêchant ainsi l'activation transcriptionnelle des gènes répondant à l'hypoxie. De même, l'YC-1 et la digoxine perturbent la synthèse et la stabilité des sous-unités HIF-α, ce qui peut entraîner une diminution des niveaux ou de l'activité de HIF-3α en raison de la perturbation des boucles de rétroaction homéostatiques au sein de la famille HIF.
Certains inhibiteurs, comme le topotécan et la chétomine, ciblent la machinerie moléculaire dont dépendent les HIF pour leur activité transcriptionnelle, tandis que d'autres, comme le KC7F2 et le PX-478, modulent l'activité transcriptionnelle des HIF. SAHA, le célastrol et la berbérine exercent une inhibition indirecte par le biais d'une modulation épigénétique ou en affectant les voies de dégradation protéasomique, qui ont un impact sur HIF-3α parmi une multitude de cibles cellulaires.
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