HDA7の化学的阻害剤は、様々な分子メカニズムを用いてその機能を阻害する。例えば、トリコスタチンAは酵素に直接結合し、ヒストンのアセチル化レベルを上昇させ、酵素が遺伝子サイレンシング作用を発揮するのを妨げる。同様に、ボリノスタットとしても知られるスベロイルアニリドヒドロキサム酸(SAHA)は、HDA7の触媒部位を標的とし、ヒストンからアセチル基を除去する能力を阻害する。この作用により、遺伝子発現を助長するオープンなクロマチン構造がもたらされる。もう一つの阻害剤であるバルプロ酸は、HDA7の触媒ドメインでアセチル-補酵素Aと競合し、ヒストンの過剰アセチル化を引き起こす。酪酸ナトリウムもHDA7の触媒部位と相互作用し、転写活性の高いクロマチン構造をもたらす。
ベンズアミド系のヒストン脱アセチル化酵素阻害剤であるエンチノスタットはHDA7に選択的に結合し、環状ペプチドであるロミデプシンはHDA7の活性部位にあるZn2+イオンをキレートする。広範囲のHDAC阻害剤であるパノビノスタットは、他のHDACの中でもHDA7に非選択的に結合し、その脱アセチル化酵素活性を阻害する。もう一つのヒドロキサメート型阻害剤であるベリノスタットは、亜鉛結合ドメインに結合することで、HDA7を含む複数のHDAC酵素を標的とする。選択的クラスI HDAC阻害剤であるチダミドは、酵素の活性部位に結合し、その機能を阻害する。クラスIとIVのHDACを阻害するモセチノスタットは、HDA7に結合することで効果を発揮し、ヒストンのアセチル化を増加させる。ジビノスタットは他のヒドロキサメート系阻害剤と同様にHDA7の触媒ドメインと相互作用し、アセトアミド誘導体であるタセジナリンはその触媒部位に結合することでHDA7を阻害する。化学的阻害剤とHDA7との間のこれらの相互作用は、ヒストンタンパク質を脱アセチル化する酵素の能力の阻害に至り、クロマチン構造に影響を及ぼす。
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