Les produits chimiques conçus pour inhiber l'HDA2 agissent principalement en interférant avec le domaine catalytique responsable de son activité de désacétylase. Par exemple, la trichostatine A et le vorinostat sont tous deux des inhibiteurs d'HDAC qui agissent sur les HDAC de classe I et II, bloquant efficacement la capacité de l'HDA2 à éliminer les groupes acétyles des protéines histones et non histones. Cette perturbation entraîne une augmentation des histones acétylées, affectant ainsi les rôles régulateurs que joue HDA2 dans l'expression des gènes. Le butyrate de sodium, un acide gras à chaîne courte, bloque également l'activité de désacétylation des HDAC de classe I et II, y compris HDA2, ce qui entraîne une diminution du silençage génique médié par cette protéine. De même, le mocetinostat et l'apicidine sont des inhibiteurs d'HDAC isosélectifs et de classe I, respectivement, qui entravent le domaine enzymatique de HDA2, ce qui entraîne une altération de la régulation épigénétique.
D'autre part, le panobinostat et le belinostat sont des inhibiteurs pan-HDAC qui perturbent largement les activités enzymatiques de plusieurs HDAC, y compris l'HDA2. Leur inhibition augmente l'acétylation des histones, ce qui modifie les profils d'expression génétique. L'entinostat et la romidepsine se caractérisent par leur spécificité à l'égard des HDAC de classe I. Tous deux affectent directement la fonction de désacétylation de l'HDA2, ce qui entraîne une augmentation de l'acétylation et, par conséquent, une perturbation de la régulation des gènes. Les inhibiteurs d'HDAC de deuxième génération, comme JNJ-26481585, sont conçus pour cibler plusieurs HDAC tout en conservant une puissance plus élevée. Dans le cas de l'HDA2, cela conduit à une altération de la répression génique typiquement médiée par cette protéine. La tubastatine A, bien que moins puissante sur l'HDA2, peut encore l'affecter par réaction croisée, perturbant son rôle dans la régulation des gènes en augmentant les niveaux d'acétylation.
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