成長分化因子3(GDF-3)の化学的阻害剤は、GDF-3がその生物学的役割において利用するシグナル伝達経路を調節するために、様々なメカニズムで作用する。例えば、Dorsomorphinとその類似体LDN-193189は、GDF-3がその効果を発揮する重要な経路であるBMPシグナル伝達経路を選択的に標的とする。これらの阻害剤はBMPタイプIレセプターの活性を直接阻害することによって機能し、SMADタンパク質のリン酸化とその後の活性化を妨害し、それによってGDF-3によって一般的に伝播される下流のシグナル伝達を阻害する。もう一つの化合物、SB-431542は、TGF-βシグナル伝達経路内のアクチビン受容体様キナーゼ(ALK)を選択的に阻害することによって作用する。GDF-3はTGF-βスーパーファミリーのメンバーなので、SB-431542によるこれらのキナーゼの阻害は、GDF-3が通常参加するはずのシグナル伝達を破壊する。
シグナル阻害のテーマを続けると、DMH1とK02288も選択的BMPレセプター阻害剤として機能し、GDF-3が関与するBMPシグナル伝達カスケードを妨害する。同様に、LDN-214117は、GDF-3が相互作用する受容体であるALK2とALK3を阻害し、それによってGDF-3シグナル伝達を機能的に減少させる。A83-01は、TGF-βタイプIレセプターとともにALK5とALK7を標的とすることによってこの阻害効果を拡大し、GDF-3のシグナル伝達能力をさらに阻害する。ML347、LDN-212854、DMH2もまた、ALK1、ALK2、ALK3、ALK6のようなBMPタイプIレセプターを阻害する役割を果たし、これらはGDF-3が採用する経路の不可欠な構成要素である。ALK5阻害剤IIは、GDF-3シグナル伝達経路に不可欠なTGF-βI型受容体ALK5を特異的に標的とする。最後に、アラントラクトンは、GDF-3が属するTGF-βスーパーファミリーの下流シグナル伝達における重要なイベントであるSMAD3のリン酸化を阻害することにより、GDF-3の活性を破壊する。
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