Come membro della famiglia FAM90A, si prevede che FAM90A9 abbia domini strutturali indicativi di funzioni nucleari, in linea con le proprietà caratteristiche della famiglia. I domini e i motivi di FAM90A9 possono essere coinvolti nella regolazione dell'espressione genica, nella partecipazione alla riparazione del DNA o nel rimodellamento della cromatina, ma questi ruoli non sono ancora stati dimostrati sperimentalmente.
La presenza di segnali di localizzazione nucleare nelle proteine della famiglia FAM90A, compresa FAM90A9, supporta l'ipotesi che FAM90A9 operi nel compartimento nucleare. In questo caso, potrebbe influenzare la regolazione trascrizionale, possibilmente interagendo con fattori di trascrizione o facendo parte di complessi che modulano lo stato della cromatina, influenzando i modelli di espressione genica critici per vari processi cellulari, come il controllo del ciclo cellulare, la differenziazione e la stabilità genomica.Indagini sperimentali, tra cui l'analisi dell'espressione tessuto-specifica, studi di knockdown genico o di sovraespressione, potrebbero fornire approfondimenti sul significato funzionale di FAM90A9. Tali studi potrebbero rivelare il suo ruolo nei processi fisiologici e di sviluppo o in condizioni patologiche, se modelli di espressione aberranti sono associati a stati patologici.
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