FAM12Aの阻害剤は、このタンパク質の機能的活性を弱めるために、様々な生化学的メカニズムで作用する。例えば、キナーゼ阻害剤は、タンパク質の活性に重要なリン酸化過程を阻害することによってその効果を発揮し、それによってタンパク質の機能を直接阻害する。さらに、セリン/スレオニンホスファターゼの阻害は、細胞内のリン酸化平衡に変化をもたらし、FAM12Aの活性を間接的に抑制するもう一つの方法である。プロテインキナーゼCを阻害する化合物も、FAM12Aがその生物学的役割のために依存していると思われるPKCを介したシグナル伝達経路を阻害することによって、間接的にタンパク質に影響を与える。さらに、ホスファチジルイノシトール3-キナーゼ経路の阻害剤は、AKTシグナル伝達の減少をもたらし、PI3K/ACTシグナル伝達カスケードの一部である可能性のあるFAM12Aのようなタンパク質に下流で影響を及ぼす可能性がある。
FAM12A活性の制御におけるもう一つの複雑な層は、遺伝子発現やタンパク質翻訳経路を阻害する薬剤に由来する。例えば、ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤は、クロマチン構造を変化させ、FAM12Aの活性を制御する遺伝子の発現を含む転写の状況を変化させることにより、間接的にFAM12Aに影響を与える可能性がある。タンパク質合成を制御する役割で知られるmTOR経路阻害剤も、FAM12Aの活性化に関与するタンパク質の翻訳を減少させることにより、間接的にFAM12Aを阻害する可能性がある。同様に、ERK/MAPKシグナル伝達経路を破壊するMEK阻害剤は、FAM12Aがこのシグナル伝達軸と関連している場合、FAM12Aが適切に活性化されるのを妨げる可能性がある。さらに、カルシニューリンを標的にしてT細胞の活性化を阻害する化合物は、FAM12Aが活動する細胞内シグナル伝達環境を変化させることにより、間接的にFAM12Aに影響を与える可能性がある。最後に、SERCAのようなカルシウムポンプを阻害することによってカルシウムのホメオスタシスを乱すことは、FAM12Aの機能が細胞内のカルシウムシグナルダイナミクスに依存している場合、FAM12Aの阻害につながる可能性がある。
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