サイクリンJの化学的阻害剤は、細胞周期制御におけるサイクリンJの役割に重要な役割を果たすサイクリン依存性キナーゼ(CDK)パートナーを阻害することによって機能する。アルスターパウロンはCDKの強力な阻害剤として作用し、この阻害は細胞周期を制御するサイクリンJの能力に直接影響を与える。同様に、RoscovitineはCDKを標的として、サイクリンJの制御作用を効果的に阻害する。これらの阻害剤はいずれも、サイクリンJがその作用を発揮するのに不可欠なキナーゼ活性を阻害することによって作用し、その機能を効果的に沈黙させる。もう一つのCDK阻害剤であるパルバラノールAも同じ原理で作用し、サイクリンJが通常活性化するはずのキナーゼを標的とすることで、その細胞周期調節機能を阻害する。SNS-032とDinaciclibは、いくつかのCDKの活性を阻害することによってこの阻害効果を拡大し、細胞周期におけるサイクリンJの役割をさらに確実に抑制する。
このテーマを続けると、フラボピリドールはCDK阻害の範囲を広げ、複数のキナーゼに影響を与え、それによってサイクリンJの活性をより強固に阻害する。インジルビン-3'-モノオキシムもCDKを阻害し、サイクリンJがその制御活性にとって重要なステップであるキナーゼ・パートナーと会合するのを阻害する。同じように、AT7519とPHA-793887はサイクリンJが依存する複数のCDKを阻害し、細胞周期制御におけるサイクリンJの活性を間接的に阻害する。最後に、R547は様々なCDKを標的とし、細胞分裂を制御するサイクリンJの活性に不可欠なキナーゼを阻害することにより、サイクリンJの機能的役割を阻害する。
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