Os inibidores químicos do CROT funcionam através de diversos mecanismos que impedem a capacidade do CROT de participar no metabolismo dos ácidos gordos. O orlistato, um inibidor da lipase, reduz a absorção gastrointestinal de gorduras, levando a uma diminuição da disponibilidade de ácidos gordos para a conversão mediada pela CROT de octanoil-CoA e carnitina em octanoilcarnitina. A perhexilina e a oxfenicina, ao inibirem a carnitina palmitoiltransferase (CPT), diminuem a captação mitocondrial de ácidos gordos de cadeia longa, reduzindo assim o conjunto de substratos para a CROT. Do mesmo modo, a inibição da CPT1 pelo Etomoxir reduz o transporte de cadeias de acil-gordos para as mitocôndrias, limitando os substratos de acil-carnitina necessários para a função enzimática da CROT. O malonil-CoA, um inibidor natural da CPT1, também diminui o conjunto de acil-CoAs gordos, limitando indiretamente a atividade da CROT por privação de substrato.
A trimetazidina e a ranolazina funcionam através da inibição de enzimas na oxidação de ácidos gordos, diminuindo assim a disponibilidade de acil-carnitinas para o CROT. O mildronato inibe a γ-butirobetaína hidroxilase, diminuindo assim a síntese de carnitina e, subsequentemente, a disponibilidade de substrato para as CROT. A metformina influencia indiretamente o CROT ao ativar a AMPK, o que pode levar à redução dos níveis de acil-CoA e, consequentemente, à diminuição da atividade do CROT. O fenofibrato ativa o PPARα, levando a um aumento da oxidação dos ácidos gordos, o que pode esgotar os substratos de ácidos gordos necessários para a atividade do CROT. O ácido nicotínico reduz a mobilização de ácidos gordos livres do tecido adiposo, o que, por sua vez, pode limitar os substratos disponíveis para a CROT, resultando na inibição funcional da atividade da transferase de ácidos gordos da proteína. Cada uma destas substâncias químicas interage com diferentes facetas do metabolismo dos ácidos gordos e, ao fazê-lo, pode suprimir a atividade funcional da CROT através de uma redução da disponibilidade de substratos ou de uma inibição competitiva.
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