Os inibidores do CCDC97 englobam um grupo de compostos que têm como alvo várias vias de sinalização implicadas na regulação da atividade do CCDC97. A rapamicina e o Torin 1, como inibidores da mTOR, suprimem diretamente os complexos mTORC1 e mTORC2, respetivamente. Dado que a sinalização mTOR é crítica para uma variedade de processos celulares que podem incluir a estabilidade e a função do CCDC97, a inibição do mTOR por esses compostos levaria a um ambiente menos propício à atividade do CCDC97. O pressuposto aqui é que o CCDC97 requer fosforilação mediada por mTOR para a sua função; por conseguinte, a inibição de mTOR levaria a uma redução direta da atividade do CCDC97.
Além disso, compostos como a Wortmannin e o LY294002, que são inibidores da PI3K, e o PD98059 e o U0126, que são inibidores da MEK, têm como alvo as cinases ascendentes das vias PI3K/AKT e MAPK/ERK, respetivamente. A inibição destas cinases resultaria na diminuição da ativação de alvos subsequentes que podem incluir o CCDC97. Se a atividade do CCDC97 depender da sinalização através destas vias, por exemplo, através da fosforilação mediada por AKT ou ERK, então estes inibidores conduziriam a uma diminuição da função do CCDC97.
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