Gli inibitori della CCDC97 comprendono un gruppo di composti che hanno come bersaglio varie vie di segnalazione implicate nella regolazione dell'attività della CCDC97. La rapamicina e la torina 1, in quanto inibitori di mTOR, sopprimono direttamente i complessi mTORC1 e mTORC2, rispettivamente. Dato che la segnalazione di mTOR è fondamentale per una serie di processi cellulari che potrebbero includere la stabilità e la funzione di CCDC97, l'inibizione di mTOR da parte di questi composti porterebbe a un ambiente meno favorevole all'attività di CCDC97. L'ipotesi è che CCDC97 richieda la fosforilazione mediata da mTOR per la sua funzione; pertanto, l'inibizione di mTOR porterebbe a una riduzione diretta dell'attività di CCDC97.
Inoltre, composti come Wortmannin e LY294002, che sono inibitori della PI3K, e PD98059 e U0126, che sono inibitori della MEK, hanno come bersaglio le chinasi a monte delle vie PI3K/AKT e MAPK/ERK, rispettivamente. L'inibizione di queste chinasi comporterebbe una minore attivazione dei bersagli a valle, che potrebbero includere CCDC97. Se l'attività di CCDC97 dipende dalla segnalazione attraverso queste vie, ad esempio attraverso la fosforilazione mediata da AKT o ERK, questi inibitori porterebbero a una diminuzione della funzione di CCDC97.
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