Los inhibidores de la CCDC60 abarcan un grupo diverso de compuestos químicos que afectan a varias vías de señalización y procesos celulares, que a su vez pueden inhibir indirectamente la actividad funcional de la CCDC60. Estos inhibidores no se dirigen directamente a la CCDC60, sino que interfieren en las vías y procesos en los que interviene la CCDC60, en particular los relacionados con la ciliogénesis y la función ciliar. Por ejemplo, los inhibidores de la proteína cinasa como la estaurosporina inhiben las cinasas que regulan la frecuencia de los latidos ciliares, afectando así al papel de la CCDC60 en la función ciliar. Los inhibidores de la cinasa dependiente de ciclina, como la roscovitina, pueden impedir el ensamblaje o la función de los cilios, en los que está implicada la CCDC60, al detener el ciclo celular. Del mismo modo, el inhibidor de la quinasa Raf GW5074 y el inhibidor de MEK PD98059 interrumpen la vía MAPK/ERK, alterando así potencialmente las actividades de CCDC60 relacionadas con los cilios.
Compuestos como LY294002 y Rapamycin se dirigen a las vías PI3K/Akt y mTOR, respectivamente, ambas críticas para la ciliogénesis y la función ciliar, procesos en los que CCDC60 es funcionalmente relevante. Los inhibidores de la dinámica del citoesqueleto, como la blebbistatina y el Y-27632, interfieren en la organización de la actina y la miosina II, que es esencial para el correcto ensamblaje y funcionamiento ciliar, afectando así a las actividades asociadas de la CCDC60.
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