細胞内cAMPを増加させるフォルスコリンと、膜透過性cAMPアナログであるdb-cAMPは、どちらもcAMP依存性経路を刺激する作用があり、多くのタンパク質や細胞プロセスの制御において極めて重要な役割を果たしている。EGFは成長因子としてレセプターに結合し、CCDC135に影響を与える可能性のあるリン酸化事象を含むタンパク質の修飾につながるシグナル伝達カスケードを引き起こす。PMAとイオノマイシンは、それぞれPKCとカルシウム依存性キナーゼの強力な活性化因子であり、リン酸化に依存した様々な制御事象を引き起こす可能性がある。
リン酸化は重要な制御機構であり、チロシンキナーゼを標的とするGenisteinのようなキナーゼを阻害する化合物や、PI3Kを標的とするLY294002のような脂質キナーゼを阻害する化合物は、この過程に大きな影響を与える可能性がある。逆に、PD98059やオカダ酸は、MAPK/ERKのような主要なシグナル伝達経路内のMEK1、PP1、PP2Aのようなキナーゼやホスファターゼを標的とし、リン酸化と脱リン酸化の平衡を変化させ、それによってタンパク質の機能状態に影響を与える。AICARのような化合物はAMPKを活性化する。AMPKは細胞のエネルギー恒常性の中心的役割を果たし、タンパク質の機能に影響を与えうる。ストレス応答もまた、キナーゼによって媒介される。アニソマイシンはこのようなキナーゼの強力な活性化因子であり、多くのタンパク質の活性を変化させる可能性がある。最後に、遺伝子発現を調節する役割で知られるレチノイン酸は、タンパク質レベルや細胞生理に影響を与え、CCDC135に影響を与える可能性のあるタンパク質相互作用ネットワークに変化をもたらす可能性がある。
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