O ATP é a moeda universal de energia na célula e um substrato para as cinases, enzimas que catalisam a fosforilação de proteínas, levando frequentemente à sua ativação. Os antagonistas da calmodulina, como o W-7, perturbam a função das cinases dependentes da calmodulina, alterando potencialmente o estado de ativação de numerosas proteínas. O fluoreto de sódio actua como ativador ao inibir as fosfatases, impedindo assim a desfosforilação das proteínas e mantendo-as num estado ativo. O cloreto de zinco contribui para a ativação das proteínas, servindo como um elemento estrutural essencial que estabiliza a sua conformação funcional, enquanto o cloreto de magnésio é crucial para a atividade das ATPases e cinases, facilitando a transferência de grupos fosfato para as proteínas. Sabe-se que os PMA activam a proteína quinase C, que fosforila as proteínas alvo, conduzindo a respostas celulares variadas. As SNAP, através da libertação de óxido nítrico, estimulam a guanilil ciclase, aumentando os níveis de GMPc e influenciando a função das proteínas.
A ciclosporina A é única na medida em que inibe a calcineurina, uma fosfatase crítica para a desativação de muitas proteínas, mantendo assim indiretamente as proteínas no seu estado ativo. O ácido ocadaico segue um caminho semelhante ao inibir as serina/treonina fosfatases, levando a um aumento da fosforilação das proteínas. O peróxido de hidrogénio, embora normalmente visto como um subproduto do stress oxidativo, também serve como uma molécula de sinalização, modulando a atividade das proteínas através da oxidação. A esturosporina, embora conhecida principalmente como um inibidor da quinase, pode, em concentrações subinibitórias, ativar paradoxalmente certas quinases, afectando a ativação das proteínas. O cloreto de lítio tem como alvo a GSK-3β, uma quinase envolvida em numerosas vias de sinalização, e a sua inibição pode levar à modulação das actividades proteicas no âmbito dessas vias.
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