A forskolina e o 2-APB actuam modulando os sistemas de mensageiros secundários, como o AMPc e o cálcio, respetivamente. Estes mensageiros são omnipresentes na sinalização celular e a sua regulação é fundamental para a ativação de uma vasta gama de cinases e outras proteínas. Tanto o U0126 como o PD98059 têm como alvo a via MAPK/ERK, um regulador-chave da proliferação e diferenciação celular, e a sua inibição pode resultar em padrões de fosforilação de proteínas alterados. A ionomicina e a tapsigargina elevam os níveis de cálcio intracelular, desencadeando uma cascata de eventos de sinalização dependentes do cálcio que podem afetar a atividade das proteínas. O LY333531 e a rapamicina concentram-se na inibição da quinase, visando especificamente a proteína quinase C e a mTOR, respetivamente, para modular as vias de sinalização envolvidas no crescimento e no metabolismo celular.
O SP600125 e o SB431542 intervêm nas vias JNK e TGF-beta, que estão envolvidas nas respostas ao stress e na regulação do crescimento celular. Ao inibir estas vias, estes compostos podem influenciar indiretamente a atividade de várias proteínas. O AICAR, ao ativar a AMPK, pode alterar a sinalização metabólica, com amplas implicações na atividade das proteínas devido ao papel central do metabolismo na função celular. A curcumina demonstra uma vasta gama de efeitos nas vias celulares, incluindo a inibição do NF-kB, um fator de transcrição envolvido na resposta imunitária e na sobrevivência celular. Ao modular essas vias, a curcumina pode afetar a atividade de numerosas proteínas no âmbito destas redes de sinalização.
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