La forskoline, en augmentant les niveaux d'AMPc, déclenche une cascade qui active la protéine kinase A, une enzyme centrale qui peut phosphoryler divers facteurs de transcription, ce qui peut entraîner une augmentation de l'expression des gènes. L'ionomycine, en augmentant le calcium intracellulaire, déclenche une autre série d'événements de signalisation, qui peuvent conduire à l'activation de protéines kinases dépendantes du calcium et à une modification du paysage transcriptionnel. Dans le même ordre d'idées, le PMA engage la protéine kinase C, qui phosphoryle une série de protéines, ce qui peut influencer les schémas d'expression génique. Des composés comme la 5-Aza-2'-désoxycytidine et la trichostatine A modifient l'état épigénétique de la cellule. Le premier s'intègre à l'ADN et inhibe la méthylation, ce qui conduit à une structure chromatinienne plus ouverte, propice à la transcription. La trichostatine A supprime l'activité de l'histone désacétylase, ce qui permet d'obtenir une structure chromatinienne détendue, améliorant l'accessibilité de la machinerie transcriptionnelle à l'ADN.
L'acide rétinoïque interagit avec ses récepteurs nucléaires, qui peuvent se lier à l'ADN et moduler l'expression des gènes, influençant ainsi diverses voies cellulaires, y compris celles qui régissent l'expression de protéines telles que C9orf173. Le gallate d'épigallocatéchine exerce son influence par son interaction avec de nombreuses molécules et voies de signalisation, modifiant le milieu cellulaire et potentiellement les profils d'expression génique. L'inhibition des histones désacétylases par le butyrate de sodium entraîne une acétylation accrue des histones, marqueur d'un état actif de la chromatine, ce qui favorise l'expression des gènes. Les inhibiteurs de kinases tels que LY294002, PD98059 et SP600125 ciblent spécifiquement les voies de signalisation PI3K, MEK et JNK, respectivement. En modulant ces voies, ils affectent indirectement la phosphorylation, et donc l'activité, d'un réseau de facteurs de transcription qui peut conduire à des changements dans l'expression des protéines. La rapamycine, un inhibiteur de la signalisation mTOR, peut avoir des effets importants sur la synthèse des protéines et l'expression des gènes en raison de son rôle central dans la croissance cellulaire et le métabolisme.
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