Os inibidores químicos da C6orf35 podem funcionar perturbando várias vias de sinalização que regulam a atividade desta proteína. A estafurosporina é um inibidor da quinase de largo espetro que pode inibir a atividade de múltiplas proteínas quinases, que podem estar envolvidas na fosforilação e subsequente regulação da C6orf35. Ao inibir essas cinases, a Staurosporina pode impedir a fosforilação necessária para o funcionamento correto do C6orf35. Da mesma forma, a Bisindolilmaleimida I tem como alvo a Proteína Quinase C (PKC) e, se a fosforilação mediada pela PKC for crucial para a atividade do C6orf35, este inibidor pode suprimir a sua função. O LY294002 e a Wortmannin têm ambos como alvo a PI3K, outra quinase que pode regular várias proteínas através de vias de sinalização. Se o C6orf35 funcionar a jusante da PI3K, a inibição por estes químicos pode resultar na perda da sua atividade funcional.
Outros inibidores que têm como alvo componentes específicos das vias de sinalização celular incluem a rapamicina, que inibe a via mTOR, um regulador central do crescimento celular e do metabolismo que pode estar ascendente em relação ao C6orf35. PD98059, U0126 e SB203580 são inibidores selectivos de componentes das vias MAPK; PD98059 e U0126 inibem MEK1/2, enquanto SB203580 inibe p38 MAPK. Se o C6orf35 for ativado pelas vias MAPK/ERK ou p38 MAPK, estes inibidores podem suprimir a sua ativação. O SP600125, que inibe a JNK, outra quinase dentro das vias MAPK activadas pelo stress, também pode resultar na inibição do C6orf35 se este for regulado pela sinalização JNK. O PP2, um inibidor das tirosina-quinases da família Src, pode perturbar a regulação do C6orf35 se a fosforilação mediada por Src-quinases estiver envolvida na sua regulação. Por último, o Gefitinib e o Lapatinib são inibidores de tirosina quinases associadas às vias EGFR e HER2; se o C6orf35 depender da sinalização através destes receptores, a inibição por estes químicos pode levar a uma redução da atividade do C6orf35. Entre esses inibidores, cada um pode interferir com o estado de fosforilação ou com as vias de sinalização necessárias para a atividade funcional do C6orf35, levando assim à sua inibição funcional.
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