Chemische Inhibitoren von BRI3BP zielen auf verschiedene Aspekte der zellulären Signal- und Transportwege ab, um eine funktionelle Hemmung des Proteins zu erreichen. LY294002 und Wortmannin sind beides Inhibitoren des PI3K/Akt-Signalwegs, der ein wesentlicher Bestandteil des vesikulären Trafficking ist, einem Prozess, an dem BRI3BP beteiligt ist. Durch die Hemmung von PI3K reduzieren diese Chemikalien die Akt-Signalisierung, was wiederum die Funktion von BRI3BP bei der Vesikelbildung und dem Transport beeinträchtigen kann. In ähnlicher Weise kann die Funktion von BRI3BP durch Dynasore beeinträchtigt werden, das Dynamin hemmt, eine GTPase, die für die Spaltung von Clathrin-beschichteten Vesikeln während der Endozytose wesentlich ist. Obwohl der spezifische Mechanismus von Endosidin9 weniger gut charakterisiert ist, ist bekannt, dass es den endozytischen Transport stört, was zu einer funktionellen Hemmung der Rolle von BRI3BP beim Vesikeltransport führen kann.
Eine weitere Auswirkung auf die Funktion von BRI3BP hat Tyrphostin AG 879, das Tyrosinkinasen hemmt, die stromaufwärts gelegene Regulatoren von Signalwegen sind, an denen BRI3BP beteiligt ist, was möglicherweise zu einer verringerten BRI3BP-vermittelten Signalwirkung führt. PD 98059 zielt auf den MEK/ERK-Signalweg ab, der mit dem vesikulären Transport in Verbindung steht, und beeinträchtigt dadurch möglicherweise die Beteiligung von BRI3BP an diesem Prozess. Genistein, ein weiterer Tyrosinkinase-Inhibitor, könnte die Funktion von BRI3BP beeinträchtigen, indem er die Phosphorylierung von Proteinen verhindert, die an den vesikulären Transportwegen beteiligt sind, an denen BRI3BP beteiligt ist. Die Störung des Zytoskeletts, das für die Vesikelbewegung unerlässlich ist, wird durch Latrunculin A und Cytochalasin D erreicht, die beide die Aktinpolymerisation bzw. die Filamentdehnung hemmen. Diese Störung kann die Rolle von BRI3BP im Zusammenhang mit dem Aktinzytoskelett beeinträchtigen. Brefeldin A und Monensin stören die Funktion des Golgi-Apparats, der für die Transportwege, an denen BRI3BP beteiligt ist, entscheidend ist. Schließlich destabilisiert Nocodazol die Mikrotubuli, hemmt den mikrotubuliabhängigen Vesikeltransport und kann somit die Funktion von BRI3BP, die von der Mikrotubuli-Dynamik abhängt, hemmen.
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