Gli inibitori chimici di BIN2 comprendono una serie di composti che possono ostacolare l'attività chinasica della proteina attraverso una varietà di meccanismi. Staurosporina, K252a e 5-Iodotubercidina si distinguono per la loro capacità di competere con l'ATP per il sito attivo di BIN2, impedendo di fatto il trasferimento di gruppi fosfato alle proteine substrato. La staurosporina ottiene questo risultato con un'elevata potenza, mentre la specificità di K252a verso il dominio della chinasi è degna di nota e le proprietà inibitorie dell'adenosina chinasi della 5-Iodotubercidina contribuiscono alla sua attività contro BIN2. Analogamente, H-89 e RO-31-8220 agiscono ostacolando il sito di legame dell'ATP su BIN2, essenziale per la sua funzione catalitica. Anche Gö 6983, pur essendo riconosciuto come inibitore pan-chinasico, dimostra la capacità di ostacolare BIN2 competendo con l'ATP, precludendo così la fosforilazione di bersagli a valle.
Inoltre, LY294002 e Wortmannin, tradizionalmente classificati come inibitori della PI3K, sono in grado di inibire BIN2 attraverso un'inibizione competitiva nel sito di legame dell'ATP, con Wortmannin che forma un legame covalente nel dominio della chinasi che blocca l'accesso dell'ATP. PD 98059, pur essendo principalmente un inibitore di MEK, può interferire con le chinasi della stessa via di segnalazione di BIN2, riducendo così l'attività chinasica di BIN2 attraverso un effetto a cascata. A ciò si aggiungono SB 203580 e SP600125 che, avendo come bersaglio rispettivamente la p38 MAP chinasi e la JNK, inibiscono indirettamente BIN2 attraverso l'interruzione di vie di segnalazione correlate che sono parte integrante dell'attivazione di BIN2. La bisindolilmaleimide I completa questo elenco con la sua azione sulla protein chinasi C, che condivide anch'essa analogie meccanicistiche con BIN2, consentendole di inibire BIN2 attraverso un'inibizione competitiva nel suo sito di legame con l'ATP.
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