BAF57阻害剤の作用の中心は、SWI/SNF複合体の正常な機能を阻害することであろう。これは、BAF57のコンフォメーションを変化させたり、複合体への取り込みを阻止したり、相互作用部位をブロックしたりすることで達成できる。例えば、DNAやヒストンの構造を模倣した分子がBAF57に結合し、クロマチンリモデリング過程におけるBAF57の正常な機能を競合的に阻害するかもしれない。あるいは、ある化合物が、クロマチンのエネルギー依存性リモデリングに不可欠なBRG1タンパク質やhBRMタンパク質のATPaseドメインに結合することで、BAF57がこのプロセスでその役割を発揮するのを間接的に阻害する可能性もある。
これらの阻害剤は本質的に、標的遺伝子へのSWI/SNF複合体のリクルートメントを阻害したり、複合体のリモデリング活性を停止させたりして、遺伝子発現パターンの変化につながる。SWI/SNF複合体内のBAF57を選択的に阻害するために必要なきめ細かな特異性は、この複合体がダイナミックな組成を持ち、様々なタンパク質やDNA領域と多数の相互作用を持つことが知られているため、重要な課題となる。その結果、このような阻害剤を設計するには、BAF57の構造生物学とクロマチンリモデリング過程の複雑な仕組みを深く理解する必要がある。全体として、BAF57阻害剤は、細胞核内におけるBAF57の活性と相互作用のレベルでクロマチンリモデリング機構を直接標的とすることにより、遺伝子発現を調節する能力を有する化合物の一群を代表することになるであろう。
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