Chemische Inhibitoren von AUTS2 können ihre regulierenden Wirkungen über verschiedene Mechanismen ausüben und sich auf die Signalwege auswirken, die für die funktionelle Aktivität des Proteins entscheidend sind. So sind beispielsweise LY294002 und Wortmannin beides PI3K-Inhibitoren, die die Phosphorylierung von AKT verringern können, die wiederum für die Stabilität und Funktion von AUTS2 entscheidend ist. Diese Wirkung kann zu einer Verringerung der Aktivität von AUTS2 in der Zelle führen. In ähnlicher Weise können die MEK-Inhibitoren PD98059 und U0126 den MAPK/ERK-Signalweg unterbrechen. Da dieser Weg an der synaptischen Plastizität beteiligt ist, bei der AUTS2 eine Rolle spielt, kann seine Hemmung zu einer Verringerung der synaptischen Funktionen von AUTS2 führen. SB203580, ein p38-MAPK-Inhibitor, und SP600125, ein JNK-Inhibitor, können die Aktivierung spezifischer Signalwege verhindern, die die transkriptionellen Coaktivator-Funktionen von AUTS2 modulieren, und so seine regulatorische Wirkung auf die Genexpression verringern. Rapamycin, ein mTOR-Inhibitor, kann die Translationswege herunterregulieren und damit möglicherweise die Expression von interagierenden oder modulierenden Proteinen von AUTS2 reduzieren, was seine Aktivität verringert.
Darüber hinaus kann Lactacystin, ein Proteasom-Inhibitor, zu einer Anhäufung fehlgefalteter Proteine führen, was indirekt den Gehalt an funktionellem AUTS2 durch verstärkten proteasomalen Abbau beeinträchtigt. Brefeldin A kann durch die Störung der Funktion des Golgi-Apparats die posttranslationale Verarbeitung von AUTS2 beeinträchtigen, was zu dessen funktioneller Hemmung führt. Cyclosporin A, von dem bekannt ist, dass es Calcineurin hemmt, kann auch die Dephosphorylierung von Nuklearfaktoren hemmen, die möglicherweise mit AUTS2 interagieren, wodurch seine transkriptionellen Coaktivatorfunktionen beeinträchtigt werden. KN-93, ein CaMKII-Inhibitor, unterbricht neuronale Signalwege, an denen AUTS2 ebenfalls beteiligt ist. Durch die Hemmung dieser Wege kann KN-93 die funktionelle Rolle von AUTS2 in diesen Zusammenhängen hemmen. Schließlich kann NF449, das selektiv die Gαs-Untereinheit von G-Proteinen hemmt, Signalwege unterbrechen, die die Aktivität und Stabilität verschiedener Proteine, einschließlich AUTS2, regulieren, was zu einer Abnahme der funktionellen Aktivität von AUTS2 führt.
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