ATP9B阻害剤は、細胞内のカルシウムホメオスタシス、グリコシル化、タンパク質輸送を調節し、脂質代謝と輸送を阻害することにより作用する。SERCAポンプ阻害剤であるタプシガルギンは、小胞体のカルシウムホメオスタシスを破壊し、ATP9Bのリン脂質転位活性に影響を与えうる細胞質カルシウムレベルの上昇をもたらす。N-結合型グリコシル化の阻害剤であるツニカマイシンや、小胞体からゴルジ体へのタンパク質輸送を阻害するブレフェルジンAは、それぞれATP9Bのグリコシル化状態や局在を変化させ、その機能に影響を与える可能性がある。モネンシンやニゲリシンのようなイオノフォアは細胞膜のイオン勾配を乱し、ATP9Bのリン脂質輸送活性を阻害する可能性がある。
さらに、ATP9Bは脂質代謝やシグナル伝達を阻害する化学物質によって間接的に阻害される可能性がある。ホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)の阻害剤であるWortmanninとLY294002は、ATP9Bの基質となりうるPIP2とPIP3脂質を枯渇させる。その結果、これらの脂質の利用可能性がATP9Bの活性を決定する要因になる可能性がある。ホスホリパーゼC阻害剤であるU73122は、PIP2からのIP3およびDAGの生成を阻害することから、ATP9Bの基質としての利用可能性を変化させ、その機能を阻害する可能性がある。
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