Les inhibiteurs de l'ATP9B peuvent agir en modulant l'homéostasie du calcium, la glycosylation et le transport des protéines dans les cellules, et en perturbant le métabolisme et le transport des lipides. La thapsigargin, un inhibiteur de la pompe SERCA, perturbe l'homéostasie du calcium dans le réticulum endoplasmique, entraînant une augmentation des niveaux de calcium cytosolique qui peut avoir un impact sur l'activité de translocation des phospholipides de l'ATP9B. La tunicamycine, un inhibiteur de la glycosylation liée au N, et la Brefeldine A, qui inhibe le transport des protéines du réticulum endoplasmique vers l'appareil de Golgi, pourraient modifier l'état de glycosylation et la localisation de l'ATP9B, respectivement, affectant ainsi sa fonction. Les ionophores comme la Monensine et la Nigericine perturbent les gradients ioniques à travers les membranes cellulaires, ce qui pourrait interférer avec l'activité de transport de phospholipides de l'ATP9B.
En outre, l'ATP9B peut être indirectement inhibée par des produits chimiques qui perturbent le métabolisme des lipides et la signalisation. La wortmannine et le LY294002, deux inhibiteurs des phosphoinositides 3-kinases (PI3K), épuisent les lipides PIP2 et PIP3 qui pourraient être des substrats pour l'ATP9B. Par conséquent, la disponibilité de ces lipides pourrait être un facteur déterminant de l'activité de l'ATP9B. L'U73122, un inhibiteur de la phospholipase C, empêche la formation d'IP3 et de DAG à partir de PIP2, ce qui pourrait modifier la disponibilité des substrats pour l'ATP9B, inhibant ainsi sa fonction.
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