ATP11Bの化学的阻害剤は、様々なメカニズムでタンパク質の機能を阻害するが、その全ては、ATP11Bの機能の中心であるATPアーゼ活性の阻害に集約される。例えば、オワバインやジゴキシンは、Na+/K+-ATPaseを特異的に標的とすることで阻害効果を発揮するが、ATPase活性の維持に重要なイオン勾配への依存性が共有されているため、間接的にATP11Bに影響を及ぼす可能性がある。ATP11Bの適切な機能は、細胞膜を横切る電気化学的電位に依存しており、ウアバインやジゴキシンによってこれらのイオン勾配が破壊されると、その活性が阻害される。タプシガルギンはSERCAポンプの阻害剤として機能し、カルシウムのホメオスタシスに変化をもたらす。この変化は、タンパク質の機能がカルシウムシグナルによって制御されている場合、ATP11Bに悪影響を及ぼす可能性がある。ブレフェルジンAはゴルジ装置内でのタンパク質輸送を阻害し、ATP11Bの適切な局在と機能を阻害する。
さらに、ナトリウムイオノフォアとしてのモネンシンは、ATP11Bのイオン依存性ATPアーゼ活性の基本であるイオン勾配を破壊する。この破壊はATP11Bの機能阻害につながる。バナジン酸塩はリン酸アナログとして作用し、ATP11Bのリン酸化サイクルを不安定化させ、ATPの結合と加水分解を阻害することにより、ATP11Bの活性を阻害する。オリゴマイシンは、伝統的にF型ATPアーゼの阻害剤であるが、ATP11Bのエネルギー利用に不可欠である可能性のあるプロトン勾配を破壊することによって、間接的にATP11Bに影響を与える可能性がある。アジドは、ATP11BによるATP加水分解に不可欠なリン酸化プロセスを阻害することにより、ATPアーゼを妨害する。ベラパミルはカルシウムチャネル遮断薬として、もしタンパク質がその機能のために細かく調整されたカルシウムレベルを必要とするならば、間接的にATP11Bを阻害することができる。フッ化ベリリウムはATP11Bの活性部位でATPと競合し、ATP加水分解に必要なリン酸化を阻害する可能性がある。ATPアーゼを阻害することで知られるカテキンは、ATP11Bに結合し、ATPの結合や加水分解を阻害し、タンパク質の機能を阻害する可能性がある。最後に、チオール基をアルキル化するN-エチルマレイミドは、システイン残基を修飾してATPアーゼを阻害し、活性部位を変化させることでATP11Bの触媒機能に影響を与える可能性がある。
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