Los inhibidores químicos de la función atonal actúan a través de diversas vías de señalización, cada una con dianas moleculares específicas. La ciclopamina actúa uniéndose directamente al receptor Smoothened (SMO), integrante de la vía de señalización Hedgehog. Esta interacción inhibe la capacidad de la vía para promover la expresión atonal mediante la supresión de la transcripción de genes corriente abajo. El LY294002 se dirige a la fosfoinositida 3-kinasa (PI3K), reduciendo la fosforilación de Akt y su actividad asociada, lo que puede disminuir la expresión o actividad de atonal. El U0126 adopta un enfoque diferente al inhibir MEK1/2, obstruyendo así la vía de señalización MAPK/ERK, que puede influir en los factores de transcripción y los procesos celulares en los que interviene atonal. El DAPT contribuye a la inhibición impidiendo la escisión de los receptores Notch mediante su acción como inhibidor de la gamma-secretasa, afectando así indirectamente a atonal al alterar los procesos de determinación del destino celular regulados por la señalización Notch.
Además, el SB431542 inhibe el receptor ALK5 del TGF-beta, impidiendo así la señalización del TGF-beta que podría influir en la actividad atonal. El PD98059, similar al U0126, bloquea la vía MAPK/ERK, afectando a las actividades de los factores de transcripción y a los procesos celulares en los que el atonal puede desempeñar un papel. SP600125 interrumpe la vía de señalización JNK, que está asociada a las decisiones sobre el destino celular y, por tanto, podría modular la función atonal. NSC23766 inhibe específicamente Rac1, que puede afectar a la organización del citoesqueleto y otros procesos celulares relacionados con atonal. Y-27632 inhibe ROCK, parte de la vía que regula la dinámica del citoesqueleto de actina, afectando indirectamente a la función de atonal. El XAV-939 actúa inhibiendo la vía Wnt, influyendo así en la determinación del destino celular y en los procesos de diferenciación en los que el atonal es activo. La Wortmannina, al igual que el LY294002, inhibe la PI3K pero lo hace impidiendo la formación de PIP3, lo que conduce a una disminución de la señalización AKT y puede afectar a la expresión o actividad de atonal. Por último, la rapamicina inhibe mTOR, un regulador del crecimiento y la proliferación celular, que puede tener un efecto indirecto en los procesos celulares que implican atonal. Cada una de estas sustancias químicas, al dirigirse a componentes específicos de las vías de señalización celular, puede alterar el contexto funcional y la actividad de atonal sin interactuar directamente con la propia proteína.
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