ATG4D können anhand ihrer Wirkungsweise klassifiziert werden, die letztlich auf den Prozess der Autophagie, einen zellulären Abbauweg, hinausläuft. Lithiumchlorid, SB 216763 und 6-BIO haben einen gemeinsamen Mechanismus zur Aktivierung der Autophagie durch Hemmung der Glykogensynthase-Kinase 3 (GSK-3). Es ist bekannt, dass diese Hemmung die Unterdrückung der Autophagie-Signalwege aufhebt und dadurch das Engagement von ATG4D bei der Verarbeitung des Mikrotubulus-assoziierten Proteins 1A/1B-Leichtkette 3 (LC3) erleichtert - ein entscheidender Schritt bei der Autophagosomenbildung. In ähnlicher Weise aktiviert Trehalose die Autophagie, wenn auch über einen mTOR-unabhängigen Mechanismus. Seine einzigartige Wirkung kann zur Aktivierung von ATG4D führen, indem es die Bildung von Autophagosomen fördert, die für den autophagischen Fluss notwendig sind. Spermidin trägt zu diesem Prozess durch die Hemmung der Acetyltransferase bei, was ein weiterer Weg zur Stimulierung der autophagischen Maschinerie ist, die dann ATG4D in seine proteolytische Funktion einbindet.
Rapamycin, Torin 1, AICAR, Metformin und Salicylat initiieren die ATG4D-Aktivierung über eine andere Facette des Autophagie-Regulationsnetzes. Rapamycin und Torin 1 üben ihre Wirkung durch direkte Hemmung von mTOR aus, einem zentralen Regulator des Zellwachstums und -stoffwechsels, der die Autophagie negativ reguliert. Die Hemmung von mTOR führt zur Aktivierung des Autophagie-Stoffwechsels, wodurch die proteolytische Wirkung von ATG4D erforderlich wird. AICAR und Metformin aktivieren die AMP-aktivierte Proteinkinase (AMPK), die ihrerseits den Autophagieprozess einleiten kann. Salicylat aktiviert die AMPK ebenfalls, jedoch auf eine andere Weise als AICAR und Metformin. Die daraus resultierende Aktivierung der Autophagie durch diese Chemikalien gewährleistet die Beteiligung von ATG4D an der Reifung der Autophagosomen. Schließlich modulieren Nikotinamid und Resveratrol die Sirtuine, eine Familie von Proteinen, die an der Zellgesundheit beteiligt sind, was zu einer Induktion der Autophagie und der anschließenden Aktivierung von ATG4D führen kann, was die verschiedenen zellulären Signalwege verdeutlicht, die im Prozess der Autophagie und der Aktivierung von ATG4D zusammenlaufen.
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