Los ATG4D pueden clasificarse en función de sus modos de acción, que en última instancia convergen en el proceso de autofagia, una vía de degradación celular. El cloruro de litio, el SB 216763 y el 6-BIO comparten un mecanismo común de activación de la autofagia mediante la inhibición de la glucógeno sintasa quinasa 3 (GSK-3). Se sabe que esta inhibición alivia la supresión de las vías de autofagia, facilitando así la participación de la ATG4D en su función de procesamiento de la proteína asociada a microtúbulos 1A/1B-cadena ligera 3 (LC3), un paso crítico en la formación de autofagosomas. De forma similar, la trehalosa actúa para activar la autofagia, aunque a través de un mecanismo independiente de mTOR. Su acción única puede conducir a la activación de ATG4D promoviendo el ensamblaje de autofagosomas, necesario para el flujo autofágico. La espermidina contribuye a esta procesión a través de la inhibición de la acetiltransferasa, que es otra vía para estimular la maquinaria autofágica, comprometiendo posteriormente a la ATG4D en su función proteolítica.
Rapamicina, Torin 1, AICAR, metformina y salicilato, inician la activación de ATG4D a través de una faceta diferente de la red reguladora de la autofagia. La rapamicina y la Torin 1 ejercen su efecto inhibiendo directamente mTOR, un regulador central del crecimiento y el metabolismo celular que regula negativamente la autofagia. La inhibición de mTOR conduce a la activación de la vía de la autofagia, lo que hace necesaria la acción proteolítica de ATG4D. El AICAR y la metformina activan la proteína cinasa activada por AMP (AMPK), que a su vez puede iniciar el proceso autofágico. El salicilato también activa la AMPK, pero lo hace de forma distinta al AICAR y la metformina. La activación de la autofagia resultante de estas sustancias químicas asegura la implicación de la ATG4D en la maduración de los autofagosomas. Por último, la nicotinamida y el resveratrol modulan las sirtuinas, una familia de proteínas implicadas en la salud celular, lo que puede conducir a la inducción de la autofagia y la subsiguiente activación de la ATG4D, mostrando las diversas vías de señalización celular que convergen en el proceso de autofagia y la activación de la ATG4D.
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