Os inibidores químicos da ASXL3 funcionam perturbando a interação entre a ASXL3 e as histonas desacetilases (HDAC), que são cruciais para o papel da proteína na remodelação da cromatina e na regulação da expressão genética. A tricostatina A, o vorinostato, o panobinostato, a romidepsina, o MGCD0103, o belinostato, o entinostato, a tacedinalina, o ácido valpróico, o AR-42, o quisinostato e o CUDC-101 são todos inibidores da HDAC que alteram o estado de acetilação das histonas. Estas alterações na acetilação das histonas podem afetar a capacidade do ASXL3 de modular eficazmente a estrutura da cromatina. Por exemplo, a tricostatina A e o vorinostato podem levar a um aumento da acetilação das histonas, impedindo assim o ASXL3 de manter a cromatina numa configuração que conduza à sua função normal. O panobinostato, como inibidor do pan-HDAC, alarga ainda mais o âmbito da inibição do HDAC, afectando várias classes de HDACs com as quais o ASXL3 pode interagir, levando a uma perturbação mais generalizada da sua função.
Do mesmo modo, a especificidade da Romidepsina para os HDAC de classe I pode afetar de forma singular o subconjunto de HDAC mais relevante para a atividade do ASXL3 em determinados contextos. O MGCD0103 e o Belinostat, ao inibirem os HDAC de classe I e IV, têm como alvo as classes de enzimas que interagem diretamente com o ASXL3, o que leva a uma diminuição funcional da capacidade do ASXL3 para regular a expressão genética. A inibição selectiva dos HDACs de classe I pelo entinostato e a inibição dos HDACs pela tacedinalina podem também perturbar a função do ASXL3 através de um mecanismo semelhante. O ácido valpróico, com a sua atividade inibidora dos HDAC, altera os estados de acetilação das histonas, que são fundamentais para o papel do ASXL3 na regulação dos genes. O AR-42 e o Quisinostat, ao inibirem os HDAC, podem perturbar as actividades de remodelação da cromatina do ASXL3, afectando a sua capacidade de regular a expressão genética. Por último, o perfil de inibição de múltiplos alvos do CUDC-101, incluindo HDACs, sugere que pode impedir as actividades de modificação da cromatina do ASXL3, levando a uma inibição abrangente do papel funcional do ASXL3 na célula.
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