ACF-Aktivatoren üben ihren Einfluss über verschiedene biochemische Wege aus und sorgen dafür, dass das Protein effektiv am Aufbau und Umbau des Chromatins beteiligt ist. Bestimmte kleine Moleküle erhöhen beispielsweise den intrazellulären Gehalt an sekundären Botenstoffen, die wiederum Proteinkinasen aktivieren. Diese Kinasen können ACF phosphorylieren und damit seine Aktivität bei der Organisation von Nukleosomen verstärken, ein wesentlicher Schritt für die DNA-Replikation und -Reparatur. Andererseits zielen spezifische Inhibitoren auf Enzyme ab, die für die Straffung der Chromatinstruktur verantwortlich sind, indem sie Acetylgruppen von Histonen entfernen. Die Hemmung dieser Enzyme führt zu einem entspannteren Chromatinzustand, der die Tätigkeit von ACF begünstigt und es ihm ermöglicht, leichter durch die Nukleosomen zu navigieren und sie zusammenzusetzen.
Darüber hinaus wird die Funktion von ACF indirekt durch Substanzen unterstützt, die die epigenetische Landschaft modulieren. Einige Wirkstoffe induzieren durch die Integration in das genetische Material eine Hypomethylierung und schaffen so eine leichter zugängliche Chromatinkonfiguration für ACF-vermittelte Montageprozesse. Andere Wirkstoffe hemmen die Proteasomaktivität, was zur Anhäufung von Proteinen führt, die die Stabilität und Aktivität von ACF fördern. Darüber hinaus können kleine Moleküle, die in die DNA-Struktur eingreifen, indirekt eine erhöhte Aktivität der Chromatin-Assembly-Faktoren erforderlich machen, um die genomische Integrität zu erhalten.
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