Chemische Aktivatoren der Zilien und des Flagellen-assoziierten Proteins 46 können verschiedene Signalwege in Gang setzen, um ihre funktionelle Aktivierung einzuleiten. Forskolin zum Beispiel ist dafür bekannt, dass es die Adenylatzyklase direkt stimuliert und dadurch den intrazellulären cAMP-Spiegel erhöht. Diese Erhöhung des cAMP-Spiegels kann zur Aktivierung der Proteinkinase A (PKA) führen, die dann das Zilien- und Geißel-assoziierte Protein 46 phosphoryliert und so dessen Aktivität erhöht. In ähnlicher Weise hemmt IBMX die Phosphodiesterasen, die cAMP abbauen, wodurch dessen Spiegel in der Zelle aufrechterhalten und indirekt die Aktivierung von PKA unterstützt wird, die das Zilien- und Geißel-assoziierte Protein 46 phosphorylieren kann. Ein weiterer Aktivator, Phorbol 12-Myristat 13-Acetat (PMA), zielt auf die Proteinkinase C (PKC) ab, eine Kinase, von der bekannt ist, dass sie eine große Anzahl von Proteinen phosphoryliert. Nach der Aktivierung kann PKC auf das Zilien- und Geißel-assoziierte Protein 46 abzielen, was zu dessen Aktivierung durch direkte Phosphorylierung führt.
Darüber hinaus üben Ionomycin und A23187 ihre Wirkung durch eine Erhöhung der intrazellulären Kalziumkonzentration aus, die eine Reihe von kalziumabhängigen Kinasen aktivieren kann. Diese Kinasen wiederum haben das Potenzial, die Zilien und das mit den Geißeln verbundene Protein 46 zu phosphorylieren und zu aktivieren. Thapsigargin hemmt die SERCA-Pumpe, was zu einem ähnlichen Anstieg des intrazellulären Kalziums führt, der die Aktivierung der Zilien und des mit den Geißeln verbundenen Proteins 46 durch kalziumabhängige Elemente auslösen könnte. Phosphataseinhibitoren wie Okadasäure und Calyculin A verhindern die Dephosphorylierung von Proteinen und halten so das Zilien- und Geißel-assoziierte Protein 46 in einem phosphorylierten und damit aktiven Zustand. Anisomycin aktiviert stressaktivierte Proteinkinasen, die das Zilien- und Geißel-assoziierte Protein 46 zur Phosphorylierung und anschließenden Aktivierung ansteuern können. Das Lipidmolekül Phosphatidsäure kann die mTOR-Signalkaskade in Gang setzen, zu der Kinasen gehören, die in der Lage sind, das Zilien- und Geißel-assoziierte Protein 46 zu phosphorylieren, während Oleoylethanolamid PPAR-Rezeptoren aktiviert, die Kinasen zur Phosphorylierung und Aktivierung dieses Proteins anregen könnten. Schließlich kann Sphingosin-1-phosphat über seine G-Protein-gekoppelten Rezeptoren nachgeschaltete Kinasen aktivieren, die potenzielle Aktivatoren des Zilien- und Geißel-assoziierten Proteins 46 durch Phosphorylierungsvorgänge sind.
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