Gli inibitori chimici classificati come potenziali modulatori di Trmt44 non hanno come bersaglio diretto l'enzima, ma influenzano le vie di metilazione all'interno della cellula. Questi composti agiscono tipicamente modificando la disponibilità o la funzionalità della S-adenosilmetionina (SAM), il donatore universale di metile per le reazioni di metilazione, o alterando l'attività di altre metiltransferasi la cui funzione può essere intrecciata con quella di Trmt44. Alcuni composti, come l'adenosina periodata e l'adenosina periodata ossidata, ottengono questo risultato ossidando le società di adenosina, potenzialmente interrompendo il ciclo di metilazione. Altri, come la sinefungina e la neplanocina A, sono analoghi che inibiscono direttamente gli enzimi coinvolti nel ciclo della metilazione, avendo quindi un impatto indiretto sull'attività di Trmt44.
In particolare, molte di queste sostanze chimiche, tra cui BIX-01294, RG108 e decitabina, sono note soprattutto per colpire la metilazione del DNA. Tuttavia, i cambiamenti nei modelli di metilazione del DNA possono avere effetti a valle sui processi di RNA, compresa la metilazione del tRNA, che è la funzione principale di Trmt44. Influenzando il paesaggio globale della metilazione, questi composti potrebbero quindi modulare indirettamente l'attività delle metiltransferasi dell'RNA.
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