Os inibidores químicos classificados como potenciais moduladores da Trmt44 não visam diretamente a enzima, mas influenciam as vias de metilação no interior da célula. Estes compostos actuam normalmente modificando a disponibilidade ou a funcionalidade da S-adenosilmetionina (SAM), o dador universal de metilo para as reacções de metilação, ou alterando a atividade de outras metiltransferases cuja função pode estar interligada com a da Trmt44. Alguns compostos, como o periodato de adenosina e a adenosina oxidada por periodato, conseguem-no através da oxidação das porções de adenosina, perturbando potencialmente o ciclo de metilação. Outros, como a sinefungina e a neplanocina A, são análogos que inibem diretamente as enzimas envolvidas no ciclo de metilação, tendo assim um impacto indireto na atividade da Trmt44.
Nomeadamente, sabe-se que vários destes produtos químicos, incluindo o BIX-01294, o RG108 e a decitabina, têm como alvo principal a metilação do ADN. No entanto, as alterações nos padrões de metilação do ADN podem ter efeitos a jusante nos processos de ARN, incluindo a metilação do ARNt, que é a principal função do Trmt44. Ao influenciar o panorama global da metilação, estes compostos podem, por conseguinte, modular indiretamente a atividade das ARN metiltransferases.
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