HIF PHD3 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h): sc-403671

Übersicht

EGLN3 kodiert die HIF-Prolyl-Hydroxylase 3 (PHD3), eine sauerstoffsensorische Dioxygenase, die HIF-α-Untereinheiten in einer sauerstoff- und 2-Oxoglutarat-abhängigen Reaktion hydroxiliert und dadurch die VHL-vermittelte Ubiquitinierung sowie den proteasomalen Abbau fördert. Über diesen kanonischen Hypoxie-Signalweg trägt PHD3 dazu bei, Transkriptionsprogramme fein abzustimmen, die als Antwort auf schwankende Sauerstoffspannung Angiogenese, glykolytischen Stoffwechsel, Erythropoese und Zellüberleben steuern. Die EGLN3-Aktivität greift zudem in den mitochondrialen Stoffwechsel und die Signalgebung über reaktive Sauerstoffspezies (ROS) ein und verknüpft so den Nährstoffstatus und die Sauerstoffverfügbarkeit mit adaptiver Genexpression. Eine Dysregulation der EGLN3/PHD3-Expression oder -Funktion wird mit veränderten Hypoxieantworten in der Krebsbiologie, mit ischämiebedingtem zellulärem Stress sowie in neuroendokrinen Tumorkontexten in Verbindung gebracht, was seine Nutzung als mechanistischen Knotenpunkt in der Hypoxieforschung stützt.

Das HIF PHD3 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) ist ein Pool von Plasmiden, die für die gezielte Disruption des EGLN3-Gens in human-Zelllinien entwickelt wurden. Jedes Plasmid koexprimiert eine einzigartige Single-Guide-RNA (sgRNA), die auf eine bestimmte Stelle innerhalb des EGLN3-Gens abzielt, zusammen mit der Streptococcus pyogenes Cas9-Nuklease. Die Plasmide kodieren zudem für GFP, was die fluoreszente Identifizierung und Anreicherung erfolgreich transfizierter Zellen mittels Fluoreszenzmikroskopie oder Durchflusszytometrie ermöglicht.

Das Multi-Guide-Design erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass Insertionen oder Deletionen (Indels) entstehen, die den offenen Leserahmen von EGLN3 nach der Cas9-vermittelten Bildung von Doppelstrangbrüchen unterbrechen. Durch das CRISPR/Cas9-System verursachte DNA-Brüche werden über endogene NHEJ-Wege (Non-Homologous End Joining) repariert, was häufig zu Frameshift-Mutationen führt, die die HIF PHD3-Proteinexpression aufheben.

Dieses CRISPR-Knockout-System ermöglicht die effiziente Erzeugung von EGLN3-defizienten Zellmodellen zur Untersuchung der HIF PHD3-Signalübertragung, für funktionelle Genomstudien, in der Krebsbiologieforschung sowie zur Bewertung therapeutischer Reaktionen in menschlichen Zelllinien.

Hauptmerkmale

• sgRNAs, die auf EGLN3-Exone abzielen, die für die HIF PHD3-Funktion entscheidend sind
  Ko-Expression von SpCas9 und sgRNA aus einem einzigen Plasmid zur vereinfachten Verabreichung
  GFP-Reporter zur Identifizierung transfizierter Zellen
  Pool von Plasmiden, die auf mehrere EGLN3-Genomstellen abzielen, um die Knockout-Effizienz zu verbessern
  Kompatibel mit der Verabreichung durch Transfektion

Designvarianten

CRISPRs +/- HDRs

• gRNAs, die vom HIF PHD3 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) und vom HIF PHD3 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h2) kodiert werden, zielen auf unterschiedliche Stellen innerhalb des EGLN3-Lokus ab. Es kann ein oder beide Targeting-Designs verfügbar sein. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.
  HDR-Donorkonstrukte, kodiert durch das HIF PHD3 HDR-Plasmid (h) und HIF PHD3 HDR-Plasmid (h2) kodiert, enthalten eine Puromycin-Resistenzkassette und einen RFP-Reporter, flankiert von EGLN3-Homologiearmen, um die homologe Reparatur an definierten EGLN3-Zielstellen entsprechend den CRISPR/Cas9-KO-Designs zu unterstützen. Die Verfügbarkeit von HDR-Donoren kann variieren. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische oder therapeutische Zwecke bestimmt.