TDP1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h): sc-405057

Übersicht

Die Tyrosyl-DNA-Phosphodiesterase 1 (TDP1) ist ein nukleäres DNA-Reparaturenzym, das kovalente 3′-Phosphotyrosyl-Bindungen hydrolysiert, die entstehen, wenn Topoisomerase I auf der DNA feststeckt, sowie andere blockierte 3′-DNA-Enden. Durch die Koordination mit Reparaturwegen für Einzelstrangbrüche und der Basenexzisionsreparatur, einschließlich Interaktionen mit PARP1, XRCC1 und DNA-Ligase III, trägt TDP1 dazu bei, wieder ligierbare Enden herzustellen und die Genomstabilität unter Transkriptions- und Replikationsstress zu erhalten. Ein Verlust oder eine Beeinträchtigung von TDP1 stört die Auflösung von Top1-DNA-Addukten und führt zu einer erhöhten Anhäufung von DNA-Strangbrüchen und replikationsassoziierten Läsionen. Eine TDP1-Dysfunktion ist mit neurodegenerativen Phänotypen wie der spinocerebellären Ataxie mit axonaler Neuropathie verbunden und ist allgemein relevant für Studien zur Toleranz gegenüber DNA-Schäden und zu zellulären Reaktionen auf genotoxischen Stress.

Das TDP1 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) ist ein Pool von Plasmiden, die für die gezielte Disruption des TDP1-Gens in human-Zelllinien entwickelt wurden. Jedes Plasmid koexprimiert eine einzigartige Single-Guide-RNA (sgRNA), die auf eine bestimmte Stelle innerhalb des TDP1-Gens abzielt, zusammen mit der Streptococcus pyogenes Cas9-Nuklease. Die Plasmide kodieren zudem für GFP, was die fluoreszente Identifizierung und Anreicherung erfolgreich transfizierter Zellen mittels Fluoreszenzmikroskopie oder Durchflusszytometrie ermöglicht.

Das Multi-Guide-Design erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass Insertionen oder Deletionen (Indels) entstehen, die den offenen Leserahmen von TDP1 nach der Cas9-vermittelten Bildung von Doppelstrangbrüchen unterbrechen. Durch das CRISPR/Cas9-System verursachte DNA-Brüche werden über endogene NHEJ-Wege (Non-Homologous End Joining) repariert, was häufig zu Frameshift-Mutationen führt, die die TDP1-Proteinexpression aufheben.

Dieses CRISPR-Knockout-System ermöglicht die effiziente Erzeugung von TDP1-defizienten Zellmodellen zur Untersuchung der TDP1-Signalübertragung, für funktionelle Genomstudien, in der Krebsbiologieforschung sowie zur Bewertung therapeutischer Reaktionen in menschlichen Zelllinien.

Hauptmerkmale

• sgRNAs, die auf TDP1-Exone abzielen, die für die TDP1-Funktion entscheidend sind
  Ko-Expression von SpCas9 und sgRNA aus einem einzigen Plasmid zur vereinfachten Verabreichung
  GFP-Reporter zur Identifizierung transfizierter Zellen
  Pool von Plasmiden, die auf mehrere TDP1-Genomstellen abzielen, um die Knockout-Effizienz zu verbessern
  Kompatibel mit der Verabreichung durch Transfektion

Designvarianten

CRISPRs +/- HDRs

• gRNAs, die vom TDP1 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) und vom TDP1 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h2) kodiert werden, zielen auf unterschiedliche Stellen innerhalb des TDP1-Lokus ab. Es kann ein oder beide Targeting-Designs verfügbar sein. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.
  HDR-Donorkonstrukte, kodiert durch das TDP1 HDR-Plasmid (h) und TDP1 HDR-Plasmid (h2) kodiert, enthalten eine Puromycin-Resistenzkassette und einen RFP-Reporter, flankiert von TDP1-Homologiearmen, um die homologe Reparatur an definierten TDP1-Zielstellen entsprechend den CRISPR/Cas9-KO-Designs zu unterstützen. Die Verfügbarkeit von HDR-Donoren kann variieren. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische oder therapeutische Zwecke bestimmt.