Plasmide CRISPR/Cas9 KO Rent3b (h): sc-406904

Présentation

UPF3B code pour Rent3b, un composant central de la machinerie de dégradation des ARNm médiée par les codons non-sens (nonsense-mediated mRNA decay, NMD), qui préserve l’intégrité du transcriptome en éliminant les ARNm contenant des codons stop prématurés et en régulant des sous-ensembles de transcrits physiologiques. Rent3b est associé à la surveillance liée au complexe de jonction des exons (exon junction complex, EJC) et interagit avec des facteurs de la NMD tels qu’UPF2 et UPF1 afin de coupler la terminaison de la traduction à une dégradation ciblée des ARN. Par ces activités, UPF3B influence le contrôle qualité des ARN, l’homéostasie de l’expression génique et les réponses au stress cellulaire liées à un traitement aberrant des ARNm. La perturbation de la NMD dépendante d’UPF3B a été associée à des phénotypes neurodéveloppementaux et à des programmes d’expression modifiés pertinents pour des troubles neurologiques et d’autres pathologies associées au métabolisme des ARN.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO Rent3b (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène UPF3B dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du UPF3B, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert UPF3B à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine Rent3b.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en UPF3B pour l'étude de la signalisation de Rent3b, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de UPF3B essentiels à la fonction de Rent3b
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de UPF3B pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le Rent3b plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le Rent3b plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus UPF3B. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le Rent3b plasmide HDR (h) et le Rent3b (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie UPF3B pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles UPF3B définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.