Os inibidores químicos da zygin 1 podem exercer os seus efeitos através de vários modos de ação, visando principalmente os componentes do citoesqueleto que são cruciais para a função da proteína no desenvolvimento neuronal. A colchicina, por exemplo, interrompe a polimerização dos microtúbulos, um processo essencial para o transporte intracelular e a manutenção da forma celular. Ao ligar-se à tubulina, a colchicina inibe a montagem correcta dos microtúbulos, dos quais a zygin 1 depende para o crescimento axonal. Da mesma forma, o nocodazol prejudica a montagem dos microtúbulos ao ligar-se à β-tubulina, o que pode inibir a função da zygin 1 no desenvolvimento neuronal. O paclitaxel, por outro lado, tem um efeito oposto nos microtúbulos; estabiliza-os e impede a sua desmontagem. Esta hiperestabilização pode também perturbar o equilíbrio dinâmico necessário para as funções dos microtúbulos associadas ao crescimento axonal, onde a zygin 1 está ativa.
O citoesqueleto de actina é outro alvo dos inibidores da zygin 1. A latrunculina A e a citocalasina D interferem na polimerização da actina, mas através de mecanismos diferentes. A latrunculina A liga-se aos monómeros de actina, impedindo a sua polimerização, ao passo que a citocalasina D se liga às extremidades farpadas dos filamentos de actina, impedindo o alongamento. Ambas as acções resultam na inibição da zygin 1, que requer um citoesqueleto de actina organizado para o crescimento da neurite. Em contraste, a jasplakinolida e a faloidina estabilizam os filamentos de actina, o que também perturba a função da zygin 1 ao impedir os rearranjos citoesqueléticos necessários. Além disso, a função da zygin 1 pode ser influenciada por compostos que afectam a interação actina-miosina; a blebbistatina inibe a atividade da ATPase da miosina II e o ML-7 tem como alvo a cinase da cadeia leve da miosina. Além disso, o Y-27632 e o SMIFH2 perturbam o citoesqueleto de actina, impedindo a formação de fibras de tensão e a montagem de actina mediada pela formin, respetivamente, enquanto o CK-636 inibe o complexo Arp2/3, que está envolvido na nucleação de novos filamentos de actina. Cada um destes diversos mecanismos pode influenciar o papel da zygin 1 na dinâmica estrutural dos neurónios.
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