Os inibidores químicos do ZNF699 funcionam através de várias vias celulares para impedir a sua atividade. O PD 98059 e o U0126 visam especificamente as enzimas MEK1/2, que estão a montante da via ERK, uma cascata de sinalização que pode ter impacto nas actividades de regulação da transcrição do ZNF699. Ao inibir a MEK, estes compostos impedem a ativação dos componentes da via ERK que, de outro modo, poderiam interagir com o ZNF699, obstruindo assim o seu papel na regulação dos genes. Do mesmo modo, o LY294002 e a Wortmannin são inibidores potentes da fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K), o que leva à supressão da via de sinalização AKT. A via AKT está implicada numa vasta gama de processos celulares, incluindo alguns que o ZNF699 pode regular ou ser regulado. Consequentemente, a inibição da PI3K resulta no comprometimento funcional da atividade do ZNF699 na célula.
Além disso, o SB203580 actua sobre a quinase p38 MAP e o SP600125 sobre a via JNK, ambas as quais fazem parte das vias de sinalização MAPK. Estes inibidores podem perturbar eventos críticos de fosforilação e activações de factores de transcrição nestas vias, impedindo assim as funções reguladoras do ZNF699. A rapamicina, um inibidor da mTOR, suprime a sinalização mTORC1, que é outro potencial regulador do ZNF699. A inibição da sinalização mTORC1 leva a uma diminuição das actividades celulares que o ZNF699 poderia influenciar. Além disso, o PP2 e o GF109203X, como inibidores das cinases da família Src e da PKC, respetivamente, bloqueiam os principais eventos de fosforilação que são necessários para a atividade do ZNF699. O Y-27632, um inibidor da ROCK, pode alterar a dinâmica do citoesqueleto, o que pode afetar a localização ou a função celular do ZNF699, resultando na sua inibição. O IWP-2, ao inibir a produção de Wnt, impede a transcrição mediada pela β-catenina, um processo do qual o ZNF699 pode depender para a sua função, levando assim à sua inibição. Por último, a queleritrina, outro inibidor da PKC, impede de forma semelhante a fosforilação da maquinaria transcricional que poderia estar a interagir com o ZNF699, assegurando a inibição das capacidades reguladoras da transcrição do ZNF699.
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