Os inibidores químicos do ZNF652 podem exercer os seus efeitos inibitórios através de vários mecanismos moleculares, visando diferentes vias de sinalização e cinases que estão envolvidas na sua regulação. A esturosporina é um potente inibidor da cinase que pode obstruir uma vasta gama de proteínas cinases que podem fosforilar o ZNF652, impedindo assim a sua ativação. Do mesmo modo, a bisindolilmaleimida I é um inibidor seletivo da proteína quinase C e, ao inibir esta quinase, pode impedir a fosforilação e a subsequente ativação do ZNF652. A via PI3K/AKT é outra via de sinalização crítica para numerosas proteínas, e o LY294002, um inibidor da PI3K, pode impedir a ativação da AKT, que é um potencial regulador da função do ZNF652. A rapamicina, um inibidor da mTOR, pode perturbar as vias de sinalização da mTOR que podem ter um papel na regulação da atividade do ZNF652, enquanto o SB203580, um inibidor da p38 MAP quinase, pode interferir com as respostas celulares em que se sabe que o ZNF652 está envolvido, levando à sua inibição funcional.
Além disso, o SP600125 pode inibir a JNK, o que pode inibir factores de transcrição ou outras proteínas reguladoras que controlam a função do ZNF652. O U0126 e o PD98059, ambos inibidores da MEK, podem impedir a ativação das vias ERK que estão provavelmente envolvidas na rede reguladora do ZNF652. Ao fazê-lo, estes inibidores podem impedir a ativação indireta do ZNF652 que é mediada por estas vias. O inibidor da cinase da família Src PP2 pode inibir as cinases responsáveis pela fosforilação e ativação do ZNF652. A Wortmannin, outro inibidor da PI3K como o LY294002, pode suprimir a sinalização a jusante que afecta a atividade do ZNF652. O KN-93 tem como alvo a CaMKII, que, se estiver envolvida no estado de fosforilação do ZNF652, levaria à sua inibição após a aplicação do KN-93. Por último, o PD173074, um inibidor do FGFR, pode interromper as vias de sinalização do fator de crescimento que envolvem o ZNF652, inibindo assim a sua função na célula.
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