O dissulfiram e a cisplatina estabelecem interacções com iões metálicos e ADN, respetivamente. A ligação do dissulfiram a iões metálicos pode modificar a integridade estrutural dos domínios do dedo de zinco em proteínas como o ZNF646, afectando assim a sua afinidade de ligação ao ADN. A cisplatina, ao formar aductos de ADN, pode dificultar o acesso do fator de transcrição ao ADN, perturbando potencialmente as interacções ZNF646-ADN essenciais para a sua função.
A cloroquina e a MG132 têm como alvo a degradação autofágica e o sistema ubiquitina-proteassoma, que são fundamentais para a renovação das proteínas. Ao modularem estas vias, estes compostos podem influenciar indiretamente os níveis de ZNF646. PD98059, LY294002 e SP600125 são inibidores da via da quinase que interferem nas cascatas de sinalização celular, o que pode modular a atividade e a estabilidade dos factores de transcrição, com potencial impacto na expressão genética regulada pelo ZNF646. O efeito abrangente da curcumina nas vias de sinalização e nos factores de transcrição poderia estender-se à modulação da função do ZNF646, dada a sua natureza pleiotrópica. Por último, a alfa-amanitina inibe a RNA polimerase II, que é responsável pela transcrição do ARNm. Ao suprimir a síntese de ARNm, a alfa-amanitina pode afetar o envolvimento transcricional do ZNF646 com os seus genes alvo.
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