Os inibidores químicos do ZNF566 funcionam através da modulação de várias vias de sinalização celular que, em última análise, conduzem a alterações na atividade desta proteína. PD 98059, U0126 e SL327 são todos inibidores que têm como alvo a proteína quinase quinase activada por mitogénio (MEK), que faz parte da via da ERK. Ao inibir a MEK, estes produtos químicos impedem a fosforilação e a ativação da ERK, uma quinase que pode regular a atividade de vários factores de transcrição, possivelmente incluindo o ZNF566. Do mesmo modo, o BIX 02189 inibe a via ERK5 ao visar seletivamente a MEK5, o que pode levar a uma diminuição da atividade do ZNF566 se este for regulado por esta via específica.
Outros compostos, como o LY294002 e a Wortmannin, conseguem a inibição através da ativação da via do fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K). Impedem a ativação da Akt, uma quinase que desempenha um papel fundamental na sobrevivência e no metabolismo das células, o que pode influenciar a regulação do ZNF566. O SB203580 e o SP600125 interferem com as vias da p38 MAP quinase e da c-Jun N-terminal quinase (JNK), respetivamente. A inibição da p38 MAP quinase pelo SB203580 e o direcionamento da JNK pelo SP600125 podem alterar a regulação transcricional do ZNF566, assumindo que existe uma relação reguladora. A rapamicina exerce os seus efeitos através da inibição do alvo mamífero da rapamicina (mTOR), um interveniente central no crescimento e proliferação celulares, o que poderia levar a uma redução da atividade do ZNF566. O PP2 centra-se nas cinases da família Src e o GF 109203X tem como alvo a proteína quinase C (PKC), ambas envolvidas numa multiplicidade de vias de sinalização que podem afetar a transcrição e, por extensão, a função do ZNF566. Por último, o Y-27632, um inibidor da proteína quinase associada à Rho (ROCK), poderia levar a alterações na atividade transcricional do ZNF566, modulando o citoesqueleto de actina e, consequentemente, a maquinaria transcricional dentro da célula.
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